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Zymo Research lance un pipeline de bioinformatique open source pour la détection de variants du SRAS-CoV-2 dans les eaux usées


Le lancement anticipé du pipeline de bioinformatique VirSievetm favorisera la collaboration dans la recherche environnementale sur le SRAS-CoV-2

IRVINE, Californie, 12 mai 2021 /PRNewswire/ -- Zymo Research a publié le code source du pipeline de bioinformatique VirSievetm pour la communauté de microbiologie environnementale afin de promouvoir la collaboration et le soutien à l'échelle mondiale aux fins de la détection des variants du SRAS-CoV-2 dans les eaux usées. VirSievetm est un pipeline informatique automatisé qui analyse les lectures de séquençage du SRAS-CoV-2 dans des échantillons d'eaux usées afin de mieux en comprendre les variants présents dans les collectivités surveillées. En évaluant l'intervalle de confiance dans les mutations virales observées, le logiciel peut augmenter considérablement la précision de l'analyse de tout changement dans le matériel génétique viral.

Zymo Research releases the VirSievetm Open-Source Bioinformatics Pipeline source code to the environmental microbiology community to promote global collaboration and support for the detection of SARS-CoV-2 variants in wastewater.

Selon les Centers for Disease Control and Prevention, bien que le déploiement de vaccins ait eu une incidence positive considérable sur la lutte contre la pandémie du SRAS-CoV-2 aux États-Unis, de nouvelles souches virales continuent d'émerger. Certaines de ces souches, comme la souche variante B.1.1.7, sont classées comme des « souches variantes préoccupantes » en raison de signes de propagation accrue, de pathogénicité ou de résistance au vaccin. Le séquençage de prochaine génération des eaux usées devient la solution la plus viable pour la surveillance communautaire en temps quasi réel.

Il est difficile de procéder au séquençage viral à partir des eaux usées en raison de la fragmentation et de la dégradation de l'ARN viral qui entraînent souvent des erreurs de séquençage, laissant croire à des mutations qui, au bout du compte, n'existent pas. VirSievetm permet d'identifier ces fausses souches variantes et de les marquer comme étant peu ou pas fiables, ce qui permet aux chercheurs de filtrer les mutations à l'aide d'un degré de soutien plus élevé. Zymo Research fournit également DNA/RNA Shieldtm, un réactif qui protège l'ARN viral contre une dégradation supplémentaire après l'inactivation de tout virus pour permettre de prélever et de transporter en toute sécurité des échantillons d'eaux usées à température ambiante.

« Zymo Research a déjà mis au point des logiciels publics comme le Zymo Research Transmit Program, un client open source qui permet de soumettre les résultats des tests de COVID-19 par l'entremise du système de rapports de santé publique CalREDIE », a déclaré Michael Weinstein, directeur des systèmes d'information de laboratoire et responsable du projet de pipeline VirSievetm à Zymo Research. « VirSievetm s'inscrit dans le cadre des efforts continus de Zymo Research visant à soutenir au maximum les interventions en réponse à la pandémie partout dans le monde. Selon nous, VirSievetm a le potentiel d'être utilisé non seulement pour suivre les souches de variants du SRAS-CoV-2 dans les eaux usées, mais aussi d'autres virus, pour les efforts futurs de santé publique. »

« La détection précise de variants à partir d'échantillons cliniques ou des eaux usées est essentielle au bon positionnement d'une souche virale dans le contexte de tous les autres variants viraux et à l'appui des efforts de suivi des pathogènes », a déclaré Christopher Mason, conférencier rémunéré pour Zymo Research, codirecteur du WorldQuant Institute for Quantitative Prediction et professeur de physiologie et de biophysique à Weill Cornell Medicine.

Pour en savoir plus sur le pipeline VirSievetm, consultez le site Web de Zymo Research ou communiquez avec l'entreprise par e-mail à l'adresse tech@zymoresearch.com.

À propos de Zymo Research Corp.
Zymo Research est une entreprise privée qui sert la communauté scientifique et de diagnostic avec des outils de biologie moléculaire de pointe depuis 1994. « The Beauty of Science is to Make Things Simple » est leur devise, qui se reflète dans tous leurs produits, de l'épigénétique aux technologies de purification de l'ADN et de l'ARN. Historiquement reconnu comme le leader en épigénétique, Zymo Research ouvre de nouvelles voies avec des solutions novatrices pour le prélèvement d'échantillons, les mesures microbiomiques, les dispositifs de diagnostic et les technologies NGS, qui sont de haute qualité et simples à utiliser. Suivez Zymo Research sur FacebookLinkedInTwitter et Instagram.

Pour en savoir plus sur les produits de Zymo Research concernant la COVID-19, consultez les liens suivants :

  

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Communiqué envoyé le 11 mai 2021 à 18:40 et diffusé par :