Roche présente des données de Biognosys pour l'utilisation de la protéomique à des fins de découverte dans les essais cliniques

Les chercheurs cliniques auront prochainement l'opportunité de mesurer et quantifier directement des milliers de protéines de tissus de patients au cours des essais cliniques, en utilisant la nouvelle génération de technologie protéomique sans marquage (label-free) développée par Biognosys, une entreprise suisse spécialisée en protéomique.

Ceci a été suggéré en présentant une étude collaborative dirigée par Dr Axel Ducret (F. Hoffmann-La Roche Ltd), lors de la conférence MSACL 2019 (Mass Spectrometry Applications to the Clinical Lab ? Application de la spectrométrie de masse dans les laboratoires cliniques), qui s'est déroulée à Palm Springs. Biognosys a fourni des données à une étude simulée qui mimait la mise en oeuvre de la protéomique à des fins de découverte (discovery proteomics) dans le cadre d'étude clinique. L'ensemble des données issues de 30 échantillons de tumeur de cancer colorectal fixés au formol et inclus dans la paraffine (FFIP) représentaient des échantillons obtenus dans le cadre d'essais cliniques. Les données ont fait l'objet d'une evalulation en utilisant à la fois une stratégie de protéomique ciblée (targeted proteomics) et une stratégie de protéomique à des fins de découverte (discovery proteomics).

Les données fournies par Biognosys ont été générées en utilisant la nouvelle génération de technologie d'acquisition de données indépendantes (data-independent acquistion, DIA); une méthode de spectrométrie de masse sans marquagequi combine l'acquisition parallèle de peptides signatures avec une analyse de données ciblée. L'identification des protéines est basée sur de vastes bibliothèques de spectres de masse de peptides de référence de haute qualité, ce qui permet d'effectuer une quantification relative avec haute précision.

Les données directes sur l'expression des protéines fournissent un complément important à l'analyse transcriptomique, souvent utilisée en tant qu'indicateur de l'expression globale des protéines. Pour cette étude, près de 9 000 protéines ont été quantifiées avec des médianes de coefficients de variation (%CVs) nettement au-dessous de 10 %, fournissant une puissance statistique suffisante pour détecter les changements subtils d'expression de protéines pouvant apparaître dans le tissu de la tumeur.

Dr Claudia Escher, directrice des opérations chez Biognosys, a déclaré : « Nous travaillons avec un grand nombre de sociétés pharmaceutiques et biotechniques parmi les plus innovantes, qui utilisent nos services de protéomique à des fins de découverte pour faire progresser leurs programmes de recherche naissants. Nous notons un intérêt accru en faveur d'une plus grande utilisation de notre technologie au cours de la phase des essais cliniques. Nous nous réjouissons à l'idée de savoir que la protéomique à des fins de découverte pourra bientôt faire partie intégrale des essais cliniques, et Biognosys est déterminée à la mettre sur le marché. »

Cette étude jette les bases d'un pipeline de protéomique à des fins de découverte qui peut être exploité et documenté conformément aux directives des bonnes pratiques cliniques (BPC, anglais GCP), et appliqué pour rendre la conception d'essais cliniques plus efficaces et plus rentables.

À propos de Biognosys

Biognosys est un leader en protéomique de nouvelle génération, déterminée à transformer la recherche en sciences de la vie, en mettant les outils de protéomique les plus sophistiqués à la disposition des chercheurs. La société offre une suite de produits et services pour décoder le protéome et pour permettre aux chercheurs de tous les domaines d'activité d'obtenir une vision approfondie de l'expression des protéines dans les cellules, tissus et fluides corporels. La technologie de Biognosys est basée sur une spectrométrie de masse de haute résolution, combinée à une approche de traitement des signaux parallèle, nouvelle, permettant de procéder à une quantification sans précédent d'un grand nombre de protéomes, au cours d'une seule expérience. Pour en savoir plus, veuillez consulter le site : www.biognosys.com.

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